Déconfinement et rétropropagation : méditations analogistes

12.4.7-Fonctionnement rétropropagation du gradient Calcul des ...

Diagramme de rétropropagation du gradient de l’erreur dans un réseau de neurones en Machine Learning (Gilles Le Bris)

Puisque nous parlons de déconfinement, je voudrais m’attarder sur le concept de rétropropagation. Une première partie traitera de la propagation des messages qui vont orienter le déconfinement avec l’effet paradoxal de la démobilisation que cela peut entrainer. La seconde partie exploitera plusieurs analogies dans des disciplines diverses à partir du concept de rétropropagation qui me vient de la science des données et du Machine Learning pour voir précisément ce que l’on peut en apprendre pour les propagations et les méthodes à mettre en place. Il ne s’agit plus de l’origine des propagations (voir le billet sur le sujet) ni même exactement de leur fin mais de la boucle possible de réversion qu’elles peuvent ou non effectuer.

Continuer la lecture

Ce que la phylodynamique en virologie peut nous apprendre pour l’étude des réplications

(cliquer pour voir l’image nette)

L’article du Monde sur la phylodynamique et le site Nextstrain sont des sources de réflexion sans fin pour ceux qui travaillent sur les propagations. Sur le plan conceptuel, sur le plan empirique des descriptions et sur le plan de la dataviz qui est réellement inspirante avec les mêmes problèmes que ceux que l’on rencontre dans le suivi des réplications. Voici quelques-unes de ces inspirations possibles qui plaident pour une rencontre plus étroite entre sciences sociales et sciences médicales.

  • Ce qui reste d’un hôte dans un virus et dans un même : problème de généalogie
  • L’enjeu des rythmes
  • Granularité de l’analyse : traits sémiotiques et protéines
  • Data viz
  • Analyses et aide à la décision

Continuer la lecture

Traçage en temps de pandémie : design imitatif ou design centré citoyen ?

Légende: carte dynamique des flux depuis Wuhan New York Times

La nécessité du traçage numérique s’est désormais installée dans les débats et, sondage d’opinion à l’appui, dans les esprits aussi. Trois argument clés :1/ la Corée et Singapour l’ont fait (évitons de parler de la Chine, le modèle fait un peu repoussoir), pourquoi pas nous ? 2/ il existe des techniques pour suivre qui on veut où l’on veut, pourquoi ne pas les utiliser ? 3/ La priorité, c’est la sécurité entendue comme la protection contre le virus, il faut savoir relativiser les enjeux de liberté et de toutes façons nous l’avons déjà accepté avec la traçabilité installée par les plates-formes.

Arguments classiques que j’ai entendus depuis les débuts de la vidéosurveillance et la reconnaissance faciale par exemple et pour toutes les technologies, même la 5G. Arguments en trois temps :

  • la tyrannie du retard ( courons derrière les autres pour ne pas être distancés et donc copions les, ce qui est la meilleure façon d’être dépassés) ;
  • le solutionnisme technologique: Les solutions techniques peuvent résoudre tout type de problèmes, nous devons les utiliser (sans s’occuper de l’origine ni du type de problème) ;
  • la sécurité ne doit jamais freiner la liberté du business mais le business peut sans problème s’affranchir de la liberté de choix et de privacy des personnes (il sera toujours temps de revenir en arrière).

Dans le cas des applications de traçage imaginées pour le coronavirus, le processus peut être détaillé pour montrer que ce qui est en jeu pour l’instant n’est pas un traitement sérieux du problème ( et quel est-il d’ailleurs ?) mais un cadrage a priori, un infra message qui prépare les esprits à des technologies de traçabilité. Le medium est le message, disait Mc Luhan : l’installation de l’application sera le véritable message, à savoir une banalisation de la traçabilité. Et le seul fait de débattre d’un problème sanitaire, social et organisationnel en termes techniques installe une réponse fatale à toutes ces situations : la surveillance numérique.

Continuer la lecture

Critique de l’entretien avec Didier Raoult à propos de son livre « Dépasser Darwin » (2011)

Afficher l’image source

 

Voici un entretien qui peut sembler décalé par rapport à l’objet de ce blog. Il ne s’agit pas de parler de la controverse sur la chloroquine ou sur Raoult mais de revenir sur son livre publié en 2011 (merci Olivier Auber pour le signalement). Pourquoi est-ce intéressant ? D’abord parce que toute étude des propagations ne peut que s’intéresser à Darwin, pour des raisons théoriques de « modélisation » (terme anachronique) de la transmission qui est un cas de propagation et pour des raisons empiriques, ses travaux étant tous basés sur les études des caractères qui se transmettent. Daniel Dennett l’a bien mis en avant dans son ouvrage magistral « Darwin’s Dangerous Idea » dans lequel il étend l’approche de Darwin aux phénomènes culturels, dans le sens de ce qu’on appelle l’évolutionnisme culturel, qui entre directement dans le champ des études de propagation. Ensuite, parce que Didier Raoult apparait bien différent de l’image qui est façonnée dans les médias (au point de devenir en tant que personnage un mème, version Panoramix par exemple). Dans cet entretien (je n’ai pas lu le livre mais je vais le faire), il s’avère être bien plus qu’un chercheur-médecin pragmatique ( ce qu’il défend dans son choix thérapeutique et qui le disqualifie aux yeux de ceux qui veulent une science « pure » et une médecine EBM (evidence based). Il a ici des prétentions théoriques tout-à-fait passionnantes (ou prétentieuses diront ses détracteurs). Enfin et surtout parce que les questions qu’il soulève nous intéresse au plus haut point, notamment la propagation horizontale des virus, qu’évoquait déjà F. Kerk dans l’article republié sur ce blog. La ligne de transmission du capital génétique n’est pas seulement issue d’un héritage mais aussi d’un voisinage, avec des effets de croisement très importants.

Cependant, je ne partage pas la remise en cause de Darwin qu’il fait (et que le journaliste accentue) à partir de là. Il a raison de s’attaquer au darwinisme et à tous ceux qui en ont fait un dogme mais il attribue à Darwin des affirmations schématiques qui n’étaient pas les siennes. La notion d’arbre n’est pas aussi décisive, la notion de progrès dans l’évolution est une réécriture par les darwinistes, voire même par le darwinisme social de Spencer, alors que toute l’évolution est gouvernée par le hasard, ce qui est la grande idée dangereuse de Darwin (et qu’il a en effet évité de trop mettre en avant car cela portait un coup violent à toutes les doctrines religieuses). Mais à partir de là, on peut très bien imaginer des combinaisons horizontales que cite Raoult, après ses découvertes des virus géants notamment et aussi du virophage). Il mentionne « le gène égoïste » reprenant le titre du livre de Dawkins où il parle pour la première fois des mèmes. Mais cela ne remet rien en cause de la théorie de Darwin, au contraire. Bref, alors qu’il est toujours darwinien, il s’attaque au darwinisme et cela ouvre des pistes vraiment très stimulantes, notamment pour comprendre la pandémie actuelle.

Mise à jour: dans le très long article du New York Times magazine  du 12 Mai, il réaffirme cependant que l’évolution vue par Darwin est « entirely false » et que Darwin « wrote nothing but inanities » !!!!!! Ce qui est quand même une marque de démesure et d’hubris qu’il dénonce à juste titre comme le risque ou le défaut de tout scientifique… De quoi remettre en cause ma propre évaluation de l’entretien publié ici!

Mie à jour 2: j’ai profité des vacances pour lire le livre de Raoult. C’est beaucoup plus rapide que je ne le pensais car il s’agit largement d’un livre de vulgarisation, parfois intéressant sur ce plan d’ailleurs. L’argument contre Drawin est avant tout un propos marketing et quand ça ne l’est pas une prétention tout à fait arrogante comme sait le faire Raoult, c’est dommage. Il admet d’ailleurs souvent que ce n’est pas Darwin qui est visé mais son utilisation notamment par des théories racistes ou des théories finalistes comme celle de Spencer et Raoult admet que Darwin avait raison sur le hasard qui gouverne la variation. Mais il critique ses arbres et montre de façon intéressante que les espèces n’arrêtent pas de se recombiner. La question de la fitness, de la sélection des plus aptes est critiquée mais Raoult reconnait que c’est vrai dans un écosystème donné mais non à échelle générale. La focalisation sur la transmission par descendance (version héritage, verticale) est abusive dit Raoult qui montre de façon intéressante que les emprunts entre virus par exemple se font de façon horizontale aussi. et cela conduit à reprendre le terme de cousinage entre espèces de Darwin en disant qu’il avait raison. Cela ne fait que la moitié du livre et est assez vite expédié avant que l’auteur expose ses propres points de vue et en profite pour faire un peu d’éducation à la microbiologie. C’est dommage d’en avoir fait un argument de vente alors que ses travaux viennent infléchir ou enrichir la théorie de Darwin mais non l’invalider ( et notamment parce que Darwin ne pouvait rien connaitre de la génétique).

Dans le reste du livre, Raoult développe des thèmes très intéressants comme la globalisation du tube digestif, la pandémie contagieuse qu’est l’obésité et du rôle des outils dans les découvertes ( ce qui fait la base de ma proposition sur les trois générations de sciences sociales). Le microscope change tout en effet mais il faut changer d’échelle parfois et les nouveaux microscopes électroniques permettent d’observer les molécules d’ADN! Mais il faut aller chercher les éléments qui sont à l’extérieur des virus et qui leur permettent pourtant de se fixer dans un véhicule donné. Tout son propos est orienté vers la mise en valeur de l’horizontal, de la recombinaison entre gènes par exemple contre le dogme attribué à Darwin du vertical, de la descendance pure. Approche très stimulante pour notre théorie du voisinage dans le social aussi mais aucune raison pour disqualifier ce qui relève de la transmission héréditaire évidemment. Raoult semble avoir une grande affection pour Deleuze et Guattari et notamment pour le concept de rhizome, ce qui contribuera encore à brouiller son image de mandarin anarchiste de droite qui lui est désormais attachée. Mais le livre manifeste cependant le risque de ces publications dites de vulgarisation , un peu écrites rapidement, il faut bien le dire, emballées par un titre très vendeur et provocateur.

Continuer la lecture

Propagations et répétition: le syndrome de la machine à laver au temps du coronavirus

Afficher l’image source

L’analyse des propagations est sans aucun doute utile pour comprendre la période actuelle et le démarrage de l’épidémie a été propice à cette approche classique en notant les pics d’attention et la réplication de certaines thématiques. Pourtant, depuis le confinement, il me semble que nous soyons entrés dans un autre régime d’attention, celui de l’immersion. Aux alertes chocs a succédé le sentiment d’être pris à l’intérieur d’une répétition permanente. Je voudrais examiner ici de quoi est constituée cette répétition et en quoi elle diffère des propagations étudiées le plus souvent dans ce blog.

Continuer la lecture

Frédéric Keck Anthropologie des microbes: l’oubli de l’immunité et la révolution du microbiome

Figure 0Remarquable article de Frédéric Keck sur l’histoire de la microbiologie dans le prolongement des travaux de Bruno Latour sur Pasteur. (Merci Diego Landivar pour le signalement)

Keck Frédéric, « Anthropologie des microbes. L’oubli de l’immunologie et la révolution du microbiome », Techniques & Culture, 2017/2 (n° 68), p. 230-247. https://www.cairn.info/revue-techniques-et-culture-2017-2-page-230.htm

Trois points intéressants pour notre théorie des propagations:

  • La question des enveloppes posée par l’immunologie au-delà de la seule vision par réseau de la théorie de l’acteur-réseau.
  • Les réplications horizontales et non seulement par héritage « Les microbes commensaux ont en effet une capacité d’adaptation infiniment plus rapide que les organismes qui les hébergent, car ils se répliquent par transfert horizontal de gènes et non, comme les cellules humaines, par descendance verticale. »
  • Une proposition d’un niveau d’analyse plus structural ‘(au sens linguistique)  en suivant l’échange des signaux entre microbes ( ce que je propose pour décrire les médiations scientifiques (voir article plus bas sur le topofil de Boa Vista »: « Considérer les microbes comme des populations communiquant entre elles par des signaux plutôt que comme des acteurs inscrits dans un réseau ».